祖辈相传的民俗作家一色正和（堺雅人 饰）与仰慕他的青年编辑亚纪子（高畑充希 饰）结为夫妇，新婚燕尔，夫妇俩亲昵无间，携手返回一色的出生地镰仓。回到镰仓不久，单纯的亚纪子就被眼前走过的河童小人吓了一跳。
平静的东京湾突然发生海难，当人们还在猜想是否海底火山爆发时，一只巨大的怪兽冒出水面并登陆城区。日本政府主导成立了“巨大不明生物灾害部”，网罗了国家中的奇人异士加盟，研究发现怪兽是受到放射性污染而诞生出
或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指
