2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时

讲述Megamind要保护城市，对付强大的对手。而为了做到，他必须保持伪装，“行为像反派，思路像超级英雄”。