故事发生在清朝光绪年间，因为惹上洋人的人命官司，大清国驻法公使杜长萱及女儿杜筠清被迫逃到位于山西太谷的故乡暂避风头。落难期间，杜家父女得到晋商康家的康三爷救助，筠清也对这位谈吐不俗的恩人产生好感。
清朝初年，天下始乱未定。扬州妓女之子韦小宝（黄晓明 饰）机敏狡黠，不学无术。他偶然救助江洋大盗茅十八，遂得以上京，更混入宫中成为老太监海大富身边的一名用来打探消息的“小太监”。宫中暗潮汹涌，斗争不断。
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）
佘太君（郑佩佩 饰）不忍杨家功绩毁于奸臣之手，汇集杨门女流奇袭“金沙滩”，首战告捷。杜金娥（孙莉 饰）不请自到，与七郎私定终身，众人疑为她是萧太后（戴春荣 饰）派来的内应，杜金娥以舍身忘死的义举终获杨
