由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才

新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。

在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引起了怪盗基德的注意。为