电影改编自1985年剧场版《哆啦A梦：大雄的宇宙小战争》，讲述大雄意外结识来自匹里卡星、体形小巧的外星人帕比，并在哆啦A梦的帮助下，与大家一起穿越星际，共同守护友情和星球的宇宙冒险故事。
在银河系的另一端，原本宁静祥和的匹里卡星突发变故。邪恶的吉尔莫亚将军（香川照之 配音）发动政变，建立军事独裁政府。年仅10岁的总统帕比（朴璐美 配音）无力抵抗，只得乘上飞船被迫流亡。几经辗转，帕比来到
小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此
西宫硝子（早见沙织 饰）生来患有听觉障碍，要依靠助听器和外界交流，口语发音也因此格外的古怪。小学时，硝子转入了一所新的学校，特殊的生理缺陷让她成为了班上引人注目的独特存在，她因此收获了坚实的友情，却也
2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成
